это можно исправить, увеличив эти самые лимиты.
просмотр лимитов системы покажет лимиты только для текущего пользователя

limit -a

core file size          (blocks, -c) 0
data seg size           (kbytes, -d) unlimited
scheduling priority             (-e) 20
file size               (blocks, -f) unlimited
pending signals                 (-i) 16382
max locked memory       (kbytes, -l) 64
max memory size         (kbytes, -m) unlimited
open files                      (-n) 100000

……………….. и т.д.

Открываем файл /etc/pam.d/common-session и добавим в конец строчку
 

session required        pam_limits.so

и изменим сами лимиты в файле /etc/security/limits.conf добавим в конец такие строчки (символ * означает, что данная настройка будет действовать для всех):

*                soft    nofile          100000
*                hard    nofile          100000